Dwór wzniesiony został ok. 1800 r. Pierwotnie był to obiekt wolnostojący. Obecnie przylega do niego od północnego wschodu neogotycki kościół p. w. Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Marii Panny z 1860 r., a od strony południowo-wschodniej kompleks budynków szpitalnych.
Dwór należał do licznych rezydencji letnich Uphagenów. Wybudowany został z cegły i częściowo z kamienia. Fasada posiada liczne zdobienia. Część frontowa nakryta jest trójspadowym dachem z lukarnami. Środkową kalenicę zdobi ośmioboczna sygnaturka z niewielkim dzwonem. Splendoru elewacji frontowej dodawał dwukondygnacyjny, bogato dekorowany portyk z osiowym ryzalitem. Poniżej gzymsu zachował się piękny fryz z płaskorzeźbionym motywem roślinnym. Tylna elewacja, okalająca dziedziniec wewnętrzny dworu była bogato dekorowana. W górnej części wystawki tylnej połaci dachu (od strony północnej) zamontowano okrągłą tarczę zegarową. Zachowała się także w dobrym stanie klatka schodowa, stare drzwi wejściowe z klasycystycznymi zdobieniami supraporty, prowadzące do pomieszczeń w części parterowej i też na pierwszym piętrze.
Ok. poł. XIX w. dwór nabył od wdowy po Uphagenie zamożny kupiec Joahnn Gottfryd Kuhn. Zmieniła się wówczas funkcja obiektu. Dwór został przeznaczony na potrzeby powstającego w tym miejscu katolickiego szpitala.
W 1853 r. dobudowano pierwszą część obszernego gmachu szpitala, w którym opiekę sprawowały siostry boromeuszki. Później kompleks należał do Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego. Zaczął mocno podupadać z biegiem lat. Nikt nie chciał się podjąć się zakupu i zainwestowania w podupadły zabytek.
W 2019 r. rozpoczął się proces rewitalizacji Dworu Uphagena i kompleksu dawnego szpitala. W kompleksie utworzono już hotel. Nowym właścicielem została spółka Arche. Sam budynek dworu czeka w dalszym ciągu na remont.
