Krzyżowniki majątek, który został nadany przez Krzyżaków – Bockom, zamożnej i wpływowej rodzinie gdańskich patrycjuszy. W 1467 r. właścicielem był Jürgen Bock.
W XVI w. gospodarzyła tu m.in. rodzina Brandesów, a od początku następnego stulecia majątek był w rękach Schwartzwaldów.
Pierwszy dwór znajdujący się w Krzyżownikach był prawdopodobnie w całości bądź częściowo drewniany. Budynek miał być okazały, ponieważ gościł w niej w 1623 r. król Zygmunt III Waza.
Budynek, który zachował się do dziś to powstał zapewne w połowie XVII w.
W latach powojennych budynek należał do Milicji Obywatelskiej. W późniejszym czasie dwór był użytkowany przez zespół szkół poligraficznych. Obecnie jest siedzibą II Społecznej Szkoły Podstawowej Społecznego Towarzystwa Oświatowego.