Malczkowo od 1575 roku było lennem rodu von Puttkamer. Za sprawą małżeństwa część majątku w 1666 roku przeszła w ręce Martina O. von Massow. W 1718 roku jako właścicieli części majątku wymienia się ród von Massow. Z kolei inna część w 1752 roku należała do rodu von Puttkamer, a jeszcze inna część do Philippa Otto von Grubkow. Potem właścicielem majątku była Friederika von Podewils z domu von Grumbkow. Wniosła ona Malczkowo do rodziny von Podewils jako wiano. Później poprzez małżeństwo Ottona von Bonin z Sopie von Podewils dobra trafiły do rąk rodu von Bonin. W 1827 roku majątek odziedziczył Fryderyk Wilhelm Bogusław von Bonin. W 1883 roku Malczkowo nabył August Beyer, który wybudował tu gorzelnię i dwór. Jego syn Richard wybudował fabrykę płatków ziemniaczanych.
W Malczkowie znajduje się pałac z początku XX wieku.