Pierwsza wzmianka o Duninnowie pochodzi z 1493 roku z potwierdzenia istnienia parafii we wsi. Pozostawało ono własnością Krummelów do XIX wieku. Po nich Duninowo przejęli skoligaceni z nimi von Belowie, którzy wywodzili się z pomorskich Biełowów. Belowowie sprzedali Duninowo Ottonowi von Frankenstein, a ten po paru latach odsprzedał je Alfredowi von Croy, potomkowi ostatniego księcia pomorskiego Ernesta. Majątek był jednak dzierżawiony przez Leo Scheiemanna i jego potomnych.
We wsi znajduje się murowany pałac z końca XIX wieku oraz park dworski z połowy XIX wieku.