Niestkowo po raz pierwszy wzmiankowane jest w dokumencie z 1227 roku wystawionym przez księcia Barnima I ze Szczecina dla klasztoru w Białobuku (Nestc in Stolp minore in parwo Zstolp). Kilkadziesiąt lat później okolice Słupska znalazły się pod panowaniem gdańskim. Wtedy (1282 rok) Mściwój II podarował wieś kościołowi Pw. Św. Stanisława w Gradnie Wielkiej. W 1499 roku majątek przeszedł na własność rodu von Ramel, a od ok. 1580 roku właścicielem był Damian von Winterfeld. W 1622 roku inny członek z rodu von Winterfeld zarządzał majątkiem. Później właścicielami byli Zitzewitzowie. W 1717 roku właścicielem majątku był Obrist Ernst Bogislaff von Podewils. W 1810 roku Johann Kratz zakupił Niestkowo od Ottona Grafa von Podewils. Ten z kolei w 1811 roku sprzedał majątek. Potem Nieckowo było własnością Küttnerów, m. in. w 1928 roku właścicielem był Otto von Küttner. W 1931 roku majątek zakupił Georg von Wühlisch, a w 1938 roku Heinz Perrin.
Murowany dwór znajdujący się w Niestkowie pochodzi z poł. XIX w. (późnoklasycystyczny). Zachował się również park i zabudowania gospodarcze.