Najstarsza wzmianka o miejscowości pochodzi z roku 1400 i podaje nazwę Buchholz. Kolejne źródła podają nazwy: Barnomyno (1534), Barlomino (1599), Barłomino (1648) i Barlomin (1796). W 1571 roku wieś była własnością szlachecką Jana Lubockiego z nadania królewskiego. W 1624 roku właścicielem Barłomina był Chrystian Czapski, a później jego synowie Krzysztof i Piotr (choć ten mógł być wnukiem, a nie synem). W tym samym roku 21 lutego Barłomino zostało połączone z Kębłowem.
6 sierpnia 1624 roku wytoczono proces o dwór Barłomino. Prowadził go ówczesny właściciel dworu Chrystian Czapski przeciwko Grzegorzowi Henning i Izabelli Jatzkowski o dwory w: Barłominie, Kębłowie, Tyłowie i Lubocinie. Chodziło o spadek, który przypadł ostatecznie rodzinie Czapskich. W 1625 roku zmarł Chrystian, a jego żona przekazała majątek synowi Krzysztofowi. Od 1696 roku jako współpraściciela wymienia się Christopha (Krzysztofa) von Krockow. W 1701 roku majątek wykupił generał von Schatmann. Po jego śmierci w 1720 roku dwór zatrzymała jego żona, która w 1740 roku zapisała majątek Ernstowi Krzysztofowi Grumbkow - Grąbczewskiemu. W 1772 roku zarządzała tam jego matka Dorota Renata Grumbkow Grąbkowska. W jej imieniu majątkiem zarządzał Franciszek Sroka.
W roku 1796 zmarł pan von Grumblow i właścicielką dóbr została wdowa Justyna Renata von Brandt z domu Grumbow, była nią do 1805 roku. Następnie w 1841 roku majątek odziedziczyła po niej żona radcy urzędowego Joanna Bollen z domu Hackenbeck (inne źródła podają, iż zapisała ona majątek Joannie w 1805 roku, a rodzina Joanny posiadała Barłomino do 1841 roku). Po niej właścicielem majątku był Adolf Friedrich von Zelewski (Adolf Fryderyk Żelewski) oraz jego syn Ebherhard von Zelewski. Po jego śmierci w roku 1904 majątek nadal pozostał w rękach rodziny. Najprawdopodobniej to z jego inicjatywy wybudowano pod koniec XIX wieku dwór w Barłominie. Nie udało mi się dotrzeć do źródeł, które potwierdziłyby ową tezę, tym bardziej, iż w o wiele wcześniejszych dokumentach wymienia się już dworek. Mógł to być jednak inny dworek, na którego miejscu postawiono nowy. Od roku 1909 do końca I wojny światowej dworek w Barłominie był własnością barona von Freiher Fuchs. W 1922 roku majątek zakupił Zygmunt Hempel "Łukasz". Po roku 1936 z powodu zadłużenia na majątek ogłoszono przetarg. Starostwo Morskie zgłosiło się z prośbą do Urzędu Województwa Pomorskiego w Toruniu o wzięcie udziału w licytacji i wykupienie tej nieruchomości obszaru 400 ha za pretensje skarbowe. Za przejęciem całego majątku na rzecz Skarbu Państwa przemawiały względy polityczne. Majątek położony był w pobliżu granicy niemieckiej. Chodziło o powiększenie liczebnego stanu ludności polskiej w tej części Pomorza.
W czasie okupacji majątek przejęli tzw. Treuhenolerzy (powiernicy). Ludzie ci zamieszali we dworze. Pierwszym z nich był Barcz, który gospodarował tu dwa lata. Później jego miejsce zajął Dyrks, a potem Afenstejr, który zarządzał majątkiem od 1943 do końca wojny. Po zakończeniu II wojny światowej majątek został rozparcelowany w ramach reformy rolnej.
