Pakotulsko wzmiankowane było już w 1341 roku jako "locus Baketeltz". W XV wieku Pakotulsko było własnością Macieja Szumana i Aleksandra Konarskiego herbu Kolczyk. W następnych wiekach dziedzicami wsi byli: von Zitzewitz, von Kleist i Lewald-Powalski.
Za czasów dziedzica Jana Lewalda-Powalskiego (dokładnie w 1694 r.) miał miejsce proces o czary i spalenie Krystyny Dummer. Poprzez liczne tortury i próbie wody (którą przegrała, ponieważ nie utonęła, a to równało się z oskarżeniem o bycie czarownicą) przyznała się do winy i została spalona na stosie.
W XVII wieku do Pakotulska należała też Koprzywnica. Oba majątki Powalski sprzedał w 1722 roku majorowi Grabowskiemu za 14 300 zł (major zakupił wtedy również część Zawad, jednak nie wiadomo czy owy majątek wchodził w skład Pakotulska i Koprzywnicy). Potem przeszły one w ręce Gdańskich, a następnie stały się własnością Jakuba Szur-Lipińskiego (pisarza grodzkiego pomorskiego, marszałka sejmiku powiatu człuchowskiego i konfederanta barskiego). W 1807 roku Jakub na wezwanie Napoleopna powołał szlachtę z Pakotulska i okolic pod broń.
Ostatnim polskim właścicielem majątku był Dembiński. Potem Pakotulsko przeszło w ręce von der Goltza i Joachima von Boruck.
W Pakotulsku znajduje się również cmenatrz ewangelicki, który uznawany jest za dawny cmentarz rodowy dziedziców majątku - rodu von der Goltz.
W Pakotulsku znajduje się dwór z połowy XIX wieku. Obecnie jest on siedzibą firmy: Przedsiębiorstwo Produkcyjno Handlowo Usługowe "Rolpako" Sp. z o. o.