Początki udokumentowanej historii Brąchnówka (występującego w dawnych źródłach krzyżackich m.in. jako Frankenaw, Frankenau Klein, Franckenaw, a w XVI wieku jako Branknowo) sięgają lat 1423–1424. Miejscowość została wówczas wymieniona jako własność i majątek rycerski w prokuratorstwie bierzgłowskim. W czasach zakonu krzyżackiego dobra te, nadane na prawie chełmińskim, składały się z dwóch 8-łanowych folwarków, na których rycerze Canko i Stefan pełnili służbę w lekkiej zbroi. W 1428 roku Hartwig Huttfeld sprzedał majątek za 250 grzywien braciom Hansowi i Mikołajowi z Czarża, lecz rok później odkupił go z powrotem. Po II pokoju toruńskim w 1466 roku dobra rozparcelowano pomiędzy kilku właścicieli, a w 1570 roku jako współwłaścicieli szlacheckich notowano tu m.in. Macieja Derpowskiego, Jakuba, Bartłomieja i Pawła Leskich oraz Katarzynę Armarzewą z Torunia. We wsi funkcjonowały wówczas karczma oraz młyn.
W okresie nowożytnym majątek często zmieniał właścicieli. Od 1767 roku współwłaścicielami byli Józef i Ignacy Załuskowscy (wymieniani też w 1782 r.). W 1788 roku dobra przejął Polikarp Ludwik von Colbe (wzmiankowany też w 1821 r.), w 1801 roku Karol Piniński, w 1820 roku Katarzyna Elżbieta von Colbe, w 1829 roku Julianna Krystyna König, w 1838 roku Fryderyk von den Lanken, a w 1842 roku Karol Juliusz August Layer. W połowie XIX wieku majątek przeszedł w ręce polskiej rodziny Łaszewskich – od 1852 roku gospodarował tu Julian August Łaszewski, wybitny patriota i dwukrotny poseł do sejmu pruskiego, w którym odważnie występował w obronie uciemiężonej ludności polskiej.
Przełomowym momentem w dziejach wsi był 16 maja 1862 roku, kiedy majątek drogą kupna nabył wybitny polski prawnik, działacz narodowy i niepodległościowy Emil Schedlin-Czarliński (1833–1913) herbu własnego (Czarliński vel Sowa). Emil był postacią pomnikową dla regionu: za udział w powstaniu styczniowym w 1864 roku został skazany przez władze pruskie na pół roku więzienia w Moabicie (w tym czasie dobrami zarządzał komisarz). Później zasiadał jako poseł Koła Polskiego w pruskim Landtagu (1867–1870, 1873–1879) oraz w Reichstagu Związku Północnoniemieckiego (1867–1871), konsekwentnie głosując przeciwko pruskiej konstytucji i wcielaniu ziem polskich do struktur niemieckich. Był również współorganizatorem wielkich katolickich wieców narodowych w Toruniu i Poznaniu. Emil w 1866 roku wzniósł w Brąchnówku okazały neoklasycystyczny pałac, który zastąpił dotychczasowy drewniany dwór Łaszewskich. Ożeniony z Hortensją Donimirską z Buchwałdu herbu Brochwicz, wychował w nim ośmioro dzieci. Pod jego rządami folwark rozkwitł – w 1885 roku liczył 1676 mórg (w tym 1652 m. ziemi ornej), znajdowało się tu 9 domów zamieszkanych przez 168 mieszkańców (w tym 163 katolików). Dwór słynął wówczas z doskonałej i bogatej biblioteki, w której przez pewien czas gościł, pracował i opiekował się zbiorami wybitny mazurski historyk Wojciech Kętrzyński, wieloletni dyrektor Zakładu Narodowego im. Ossolińskich we Lwowie.
W sierpniu 1908 roku dobra przejął syn Emila, Wincenty Czarliński (1877–1929). Za jego czasów, około 1910 roku, dokonano modernizacji i przebudowy pałacu. Wincenty, podobnie jak jego bracia, zmarł bezdzietnie, w związku z czym w czerwcu 1929 roku kolejnym dziedzicem Brąchnówka został jego kuzyn – Leon Marian (III) Schedlin-Czarliński (w źródłach lokalnych nazywany także Leszkiem). Leon, żonaty z Zofią Donimirską herbu Brochwicz (z którą miał córki Jadwigę i Marię oraz urodzonego w 1929 r. syna Jana), był ostatnim przedwojennym właścicielem Brąchnówka. W 1930 roku z powodu wysokiego zadłużenia rozpoczęła się przymusowa i częściowa parcelacja majątku, w wyniku której przy pałacu pozostał okrojony obszar 186,57 ha (w tym 180 ha użytków rolnych, park, wody, drogi oraz 1,25 ha sadu). W 1930 roku wieś liczyła 176 mieszkańców. Przedstawiciele rodziny Czarlińskich byli w tym czasie wpływowymi udziałowcami i członkami rady nadzorczej Cukrowni Chełmża. Pokój i rozwój majątku przerwała II wojna światowa. Jesienią 1939 roku Leon Czarliński został aresztowany przez hitlerowców, osadzony w Forcie VII w Toruniu, a następnie 24 listopada 1939 roku rozstrzelany w masowych egzekucjach w Lasach Barbarki. Jego żonę Zofię wraz z dziećmi Niemcy brutalnie wyrzucili z domu, skazując na wojenną tułaczkę.
Podczas okupacji w latach 1939–1945 pałacem i całym majątkiem zarządzał niemiecki administrator nazwiskiem Wanderling, a produkcja rolna była całkowicie podporządkowana potrzebom Wehrmachtu.