Wieś wymieniona w źródłach po raz pierwszy w 1276 roku, kiedy Książe pomorski Sambor oddał wieś Krzyżakom wraz z całą ziemią gniewską. W XVII wieku nastąpił podział na Małe i Wielkie Walichnowy. Wówczas we wsi przeważali luteranie i menonici ( w 1885 roku mieszkało tu jeszcze 22 menonitów), następnie ewangelicy.
Dwór znajdujący się w Małych Walichnowach powstał w 1878 r. Był własnością starosty wałowego Niziny Walichnowskiej Petera Rudolfa Dirksena. Jednak wcześniej w tym miejscu znajdował się dom Johanna Jakoba II Dirksena, który przejął gospodarstwo swojego teścia Christopha Rudolfa Rohrbecka – ojca Petera Rudolfa.
Obecnie w dworze rezydują bezdomni, a obiekt z roku na rok coraz bardziej niszczeje.