Pępowo zaliczano do tzw. "dóbr leźnińskich". Za czasów krzyżackich należało do komturstwa gdańskiego i miało prawo polskie. W 1648 r. podatki w Pępowie płacił Henryk Heyna. Radca handlowy Friedrich August Hoene zakupił je 8 stycznia 1832 r. od Henryka Helffesteina i powierzył w zarząd Timerckowi w latach 1832-62. Syn Fredricha również Friedrich zarządzał majątkiem w Pępowie od 1853 r. Później dobra przeszły w ręce jego synów.
Dwór w Pępowie powstał ok. 1860 r.