Po raz pierwszy Bogdanki wspominane są w 1414 roku jako własność Augustina vel Augustyna. W latach 1423-24 wieś należała do komturstwa raszyńskiego i była własnością rycerską. W 1440 roku nowym właścicielem Bogdanek został Jan Cegenberg. Kolejno w 1505 roku rodzina Cegenbergów sprzedała majątek Hansowi z Salna. W 1570 roku Bogdanki były własnością braci Lichtenhain.
Pałac znajdujący się w Bogdankach nieprzerwanie od 1945 roku należy do Państwowej Stadniny Koni w Nowych Jankowicach.